La devoción de San Gil viene recogida en lo más profundo de los anales optenses. Parece ser que existieron dos ermitas dedicadas a esta advocación desde épocas muy cercanas a la reconquista de la ciudad. La ermita de San Gil fue antiguamente monasterio de la Orden Militar de Malta, y dependía de la encomienda de Poyos y Peñalén. Administrada por un solo freire con cargo de prior, tenía todos los elementos típicos de este tipo de construcción pues tenía claustro, dormitorios, portería, etc. Según cuenta la tradición, en sus cimientos fue esparcida tierra procedente de los Santos Lugares de Jerusalén, parece ser que trasladada a este lugar por los cruzados. Aunque se ha especulado sobre su posible origen templario, estudios recientes abogan por una fundación primigenia de la Orden Militar de Malta, teniendo ésta la propiedad y tutela del templo hasta el siglo XIX en el que con la Desamortización pasó al obispado de Cuenca.
Esta ermita da nombre al barrio que la circunda y en ella reside una de las devociones más antiguas de Huete, Santa Quiteria, que desde el siglo XIV recibe culto de manera interrumpida con importantes fiestas en el mes de mayo (declaradas de Interés Turístico Regional en el año 2009). La ermita es de finales del XVIII y comienzos del XIX, construida siendo prior frey Julián Antonio de Alique y Esteban.
Sus trazas se atribuyen al arquitecto Mateo López. Se trata de un coqueto templo de una sola nave cubierta con bóvedas de medio cañón con lunetos y una preciosa cúpula sobre el crucero, en cuyo centro aflora la cruz negra de la Orden de Malta. En el arco que separa la cúpula de la nave se conserva un relieve con el cordero de San Juan Bautista, representación de la Orden de Malta. Elemento curioso es el lienzo de las Ánimas, realizado hacia 1730, atribuido a Alonso Higueras. Dividido en tres registros, el primero representa a las ánimas salvadas gracias a la intercesión de Cristo, la Virgen del Rosario y Santo Domingo de Guzmán, el segundo a las ánimas condenadas, y el tercero a la Cofradía, que tenía su sede en este templo.
