La historia de la ciudad de Huete comienza en la antigua Opta romana, enclave de población destacable dentro del territorio y que estaba situada en un importante eje de comunicación que conectaba Cartagho Nova con Segóbriga y Ercávica hasta llegar a Segontia. Las excavaciones realizadas en los años 80 en el cercano paraje del Cerro de Alvar Fáñez confirmaron la importancia histórica de este enclave, con el hallazgo incluso de mosaicos con motivos iconográficos del laberinto.

Y si la Opta romana fue importante se debió en gran medida a la gran explotación de las Minas Romanas de Lapis Specularis que se realizaba en la comarca, un yeso cristalizado que fue usado por Roma durante los siglos I-II d.C. como cristal de ventanas y que tuvo a la cercana ciudad de Segóbriga como su principal centro administrativo. Alguno de los ejemplos de estas minas puede visitarse en Huete como ejemplo de la importancia que supuso para la zona esta explotación.

Ya fuera de Roma, durante época visigoda, también hubo un importante núcleo de población, como se desprende de algunos hallazgos de joyería que actualmente se exponen en el Museo Arqueológico de Cuenca.

En el periodo musulmán, el geógrafo Al Idrisi describe a Huete como una ciudad de carácter mediano enclavada en la Cora de Santaver (antigua Ercávica), que desde el año 873 perteneció a Musa Ben Zennun. A su muerte, en el año 908, Huete pasó a su hijo menor al-Mutarrif, que construyó parte de sus murallas.

El paso de Huete a manos cristianas se produce hacia el año 1150 con Alfonso VII, quien debió dejar la ciudad en manos de la familia Castro. Con la separación de los reinos de Castilla y León y minoría de edad del rey Alfonso VIII, los Castro como tenentes de Huete se enfrentaron a los Manrique de Lara en una importante batalla ocurrida en las inmediaciones en el año 1164. Finalmente, el entendimiento entre los respectivos monarcas propició el regreso de Fernando Rodríguez de Castro al reino de León y el paso de Huete a los Manrique de Lara.

Huete se convirtió en capital de un extenso territorio formado por casi 100 aldeas de las actuales provincias de Cuenca y Guadalajara.

Al estar en la vanguardia, Huete fue adquiriendo un papel cada vez más destacado frente al poder andalusí. Ello explica que el ejército almohade (formado por más de 100.000 personas, según las crónicas) con el califa Abu Yaqub Yusuf al mando, se dirigiera contra Huete, cercándola durante diez días. Una seried e sucesivas tormentas motivaron que el día de Santa Justa y Rufina los musulmanes decidieran abandonar el asedio, por lo que fueron nombradas patronas de la ciudad.

La Repoblación se realizó con gentes procedentes de poblaciones dependientes de la Casa de los Lara, principalmente de Atienza,

 

Castejón, Medinaceli, Almazán, etc, que se asientan en la ciudad formando diez barrios, cada uno con su parroquia (Santa María de Atienza, Santa María de Castejón, Santa María de Lara, San Nicolás de Medina, San Nicolás de Almazán, Santiago, San Pedro, La Trinidad, San Miguel y San Esteban).

En el pacto de los Toros de Guisando de 1468 entre Enrique IV y la infanta Isabel se estipuló que Huete pertenecería a la futura soberana, si bien, Lope Vázquez de Acuña, al que nombraron duque de Huete  en 1474, no permitió que sus representantes tomaran posesión de la ciudad, convirtiéndose Huete en  un punto de fricción entre los Reyes Católicos y la nobleza enemiga. En 1476 las tropas de los Reyes Católicos tomaron la ciudad incorporándola de nuevo al realengo. Estos soberanos le otorgaron a la ciudad el tratamiento de Noble y Leal el 28 de febrero de 1477.

Fue un ilustre personaje, Pedro Carrillo halconero del rey Juan II, quien intercedió para la concesión del título de Ciudad en el año 1428 ante dicho rey. También destacar que durante la época de los Reyes Católicos en Huete se vivió una época de importante esplendor, como se traduce en el hecho de que en Huete se instalara una de las primeras imprentas españolas donde se imprimieron las Ordenanzas Reales de Castilla, obra de Alonso Díaz de Montalvo.

Años después, la revuelta comunera en la ciudad estuvo encabezada por Juan de Sandoval, que estuvo nutrida por miembros de todos los

estamentos. Una vez conocida la derrota de Villalar, los comuneros de Huete entraron ennegociaciones con los gobernadores del emperador para solicitar el perdón. La crisis económica que arrasó Castilla a finales del siglo XVI arruinó la pujante industria local y el comercio. Las múltiples plagas y epidemias que venían produciéndose desde 1591 alcanzaron su mayor desastre en la peste  que asoló la ciudad en 1601, cuyas drásticas secuelas fueron conocidas por todo el Reino. En 1706, durante la Guerra de Sucesión a la Corona Española, entraron  las tropas anglo austriacas al mando del General lord Peterborough cometiendo numerosas atrocidades. El siglo de la Ilustración y la pérdida de poder de la Iglesia tuvo su huella en la ciudad en la expulsión de los Jesuitas en 1767 y en el auto de supresión de parroquias de 1777, en el que las diez parroquias de Huete quedaron reducidas a cuatro, San Nicolás de Medina, San Pedro, Santa María de Castejón y San Esteban.

Con la llegada de las ideas liberales, en 1835 se desamortizaron todos los monasterios,  dejando los templos de Mercedarios y Justinianas como sede de las parroquias de San Esteban y Santa María de Castejón.

 

Como últimos acontecimientos de esta histórica ciudad citaremos la llegada del ferrocarril en 1883, o la instalación de alumbrado público en las calles de Huete en 1894.

Además de estas dos circunstancias históricas, reflejos de su destacado papel en la corona de Castilla, en este siglo, aportará varios personajes ilustres a la historia espańola, el primero Alonso Díaz de Montalvo, el mejor jurisconsulto castellano de su siglo, afincado en Huete donde recopilaría las Ordenanzas Reales de Castilla, y cuya impresión en la ciudad en 1483 supondría el establecimiento en ella de una de las primeras imprentas espańolas en esta época incunable.

El segundo de los personajes destacados de este momento es Pedro Carrillo de Huete halconero mayor del rey Juan II y cronista de su reinado; y el tercero, Fray Ambrosio Montesino, fue un poeta muy ligado a la Corte de los Reyes Católicos y de cuyas obras destaca un Cancionero que fue muy afamado en el reino como se desprende de las muchas copias que se realizaron., y a quien se debe, entre otras de tipo religioso, un bello cancionero.

Desde el año 1300 residió frecuentemente en Huete el infante don Juan Manuel, autor del el Conde Lucanor.

Y además, en el verano de 1816, el rey Fernando VII permanecería varios días en la ciudad.