De los restos de esta antigua parroquia destaca una capilla del siglo XVI, cubierta por con una bóveda de combados y terceletes, posiblemente trazada por Pedro de Albiz. Al exterior presenta una espectacular portada atribuida al gran escultor Esteban Jamete por su gran parecido con el arco de acceso al claustro de la catedral de Cuenca. De hecho, Jamete estuvo trabajando en Huete en 1552. Lo más llamativo son las enjutas, decoradas con grutescos copiados del citado libro el Sueño de Polifilo, que sostienen medallones con sendos bustos de San Juan Evangelista y su hermano Santiago, que representan, por los lugares donde están enterrados, Oriente y Occidente.
Bajo las ruinas de la iglesia existe una calle gótica subterránea, que transita paralela a la muralla y servía de calle de ronda o adarve. Fue construida en tres fases, la central es la más antigua, probablemente del siglo XIII, y se corresponde con el cuerpo de la iglesia. El tramo de entrada fue construido en el XVI como soporte a la capilla que antes hemos mencionado, y el tramo final es del XVII, y sirve de cimiento a lo que fue capilla de Jesús Nazareno. En el siglo XVIII, al construirse la sacristía, la calle perdió su función y fue cerrada al tránsito.